基于貪心策略的多毒株病毒全長參考基因組組裝算法

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摘要：病毒基因組具有高度遺傳異質(zhì)性，傳統(tǒng)組裝方法的拼裝結(jié)果存在片段化問題。為此，提出了一種基于貪心策略的方法（RK-Virus），通過k-mer提取、選取種子、序列擴(kuò)展等步驟構(gòu)建全長參考基因組。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，RK-Virus拼裝出的Contig數(shù)量始終為1，解決了現(xiàn)有算法的片段化問題，在兩個(gè)數(shù)據(jù)集上每100 kbp的錯(cuò)誤數(shù)平均減少了25.2%。（剩余11586字）